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生成與交互基因組學實驗室

生成與交互基(ji)因(yin)組學(xue)實(shi)驗室(shi)

研究內容
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    LG&IG(Lab of Generative and Interactive Genomics)專注(zhu)于(yu)后(hou)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)時代的研究。實驗室(shi)的核心目標(biao)是挖掘并生成新的基(ji)因(yin)組(zu)(zu)數據(ju)、理解和總(zong)結(jie)生物(wu)學(xue)基(ji)本規律(lv)、利用(yong)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)學(xue)數據(ju)從基(ji)因(yin)型(xing)預測表(biao)型(xing)以(yi)及推進(jin)基(ji)因(yin)組(zu)(zu)學(xue)在臨床診(zhen)療、工程和產業中的應用(yong)。

    深(shen)度突變(bian)掃描(Deep Mutational Scanning,DMS)與(yu)人工智能(AI):自基(ji)因組計劃實施(shi)以來,遺傳學(xue)和分子生(sheng)(sheng)物學(xue)迅(xun)速發(fa)展,基(ji)因組信(xin)息的(de)(de)挖掘、分析(xi)、注釋與(yu)應用得到了廣泛(fan)關注與(yu)發(fa)展。伴隨著技術(shu)的(de)(de)進(jin)步(bu),遺傳和表(biao)型數(shu)據的(de)(de)規(gui)模(mo)呈指數(shu)增(zeng)長。隨著AI技術(shu)的(de)(de)不斷進(jin)步(bu),生(sheng)(sheng)物學(xue)的(de)(de)研究(jiu)范式也正(zheng)經歷深(shen)刻變(bian)革。DMS作(zuo)為一種創新的(de)(de)高通(tong)量基(ji)因型-表(biao)型數(shu)據生(sheng)(sheng)成技術(shu),得益(yi)于(yu)DNA合成與(yu)測序技術(shu)的(de)(de)迅(xun)猛發(fa)展,成為研究(jiu)熱點。

    不同于(yu)大多數(shu)現有的數(shu)據(ju)挖掘(jue)方法(fa),DMS通(tong)過主動生(sheng)成(cheng)飽和(he)突(tu)變(bian)進(jin)行人工高通(tong)量基(ji)因(yin)變(bian)異,對相(xiang)應表型高通(tong)量定(ding)量測量,完成(cheng)突(tu)變(bian)層面的數(shu)據(ju)生(sheng)成(cheng)與分析(xi)。其(qi)數(shu)據(ju)是從基(ji)因(yin)注釋(shi)到突(tu)變(bian)注釋(shi),從基(ji)因(yin)操作到剪輯(ji)操作的基(ji)本信息。發(fa)展(zhan)與應用DMS,挖掘(jue)與生(sheng)成(cheng)新(xin)的高通(tong)量基(ji)因(yin)型表型數(shu)據(ju),革(ge)新(xin)生(sheng)物(wu)學研究(jiu)范式,為后基(ji)因(yin)組時代的生(sheng)物(wu)學發(fa)展(zhan)提供助力(li)。

    生(sheng)(sheng)物(wu)大(da)(da)分(fen)子的(de)(de)(de)功能研(yan)(yan)究(jiu)是生(sheng)(sheng)物(wu)學的(de)(de)(de)核(he)心問題(ti)。變構調(diao)(diao)控是生(sheng)(sheng)物(wu)大(da)(da)分(fen)子功能調(diao)(diao)控的(de)(de)(de)一種調(diao)(diao)控機(ji)制(zhi),其(qi)通過擾動非活性中(zhong)心改(gai)變構象來調(diao)(diao)節活性。變構調(diao)(diao)控參與(yu)酶催化(hua),信號轉導,轉錄(lu)調(diao)(diao)控與(yu)代謝調(diao)(diao)控等重要生(sheng)(sheng)命過程(cheng)。研(yan)(yan)究(jiu)變構調(diao)(diao)控機(ji)制(zhi)有(you)助于(yu)相(xiang)關疾病的(de)(de)(de)診(zhen)斷與(yu)治療以及(ji)擴展生(sheng)(sheng)物(wu)大(da)(da)分(fen)子的(de)(de)(de)工程(cheng)化(hua)應用。生(sheng)(sheng)物(wu)大(da)(da)分(fen)子的(de)(de)(de)變構調(diao)(diao)控其(qi)相(xiang)互(hu)作用是先行(xing)科學問題(ti)。利(li)用DMS研(yan)(yan)究(jiu)生(sheng)(sheng)物(wu)大(da)(da)分(fen)子之間及(ji)其(qi)與(yu)小分(fen)子化(hua)合物(wu)的(de)(de)(de)互(hu)作能夠提(ti)供(gong)廣闊的(de)(de)(de)數(shu)據基(ji)礎(chu),推(tui)進對其(qi)機(ji)制(zhi)的(de)(de)(de)理解并加快其(qi)應用的(de)(de)(de)實現。

實(shi)驗室(shi)具(ju)體研究方向(xiang)是:

  1. 定量生(sheng)物大(da)數據(ju)挖(wa)掘(jue)與生(sheng)成(cheng)方法的開發(fa)與應用

  2. 基于定(ding)量生物(wu)大(da)(da)數據的(de)生物(wu)大(da)(da)分子(zi)的(de)變構調控機制的(de)研(yan)究

  3. 基因突(tu)變在疾病(bing)中(zhong)的研究與轉化




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